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Surveiller les variants à l’International

Le SARS-CoV-2 cumule en moyenne 1 à 2 mutations par mois. La plupart de ces mutations ne sont pas inquiétantes mais certaines peuvent avoir de lourdes conséquences. Elles peuvent, par exemple, conférer au virus une plus grande transmissibilité ou un plus grand pouvoir d’échapper à l’immunité issue de la vaccination. La première mutation inquiétante a été identifiée dans la protéine de surface Spike (S) au début de l’épidémie. Il s’agit de la mutation D614G (un acide aminé glycine a remplacé un acide aspartique). Ce variant est devenu rapidement majoritaire dans le monde dès juin 2020 (voir lettre News-COVID-19.info du 23-29 novembre 2020). On a identifié ensuite d’autres mutations préoccupantes, comme la N501Y située dans la protéine S et présente chez plusieurs variants comme l’ « anglais » (N501YV1), le « sud-africain » (N501YV2) ou le « brésilien » (N501YV3) (voir lettre News-COVID-19.info du 25-31 janvier 2021). Le variant anglais, caractérisé par 17 mutations dont 8 dans la protéine S, serait 50% plus transmissible. Il est devenu majoritaire à Londres et au sud de l’Angleterre en moins de 3 mois. Au 11 janvier 2021, ce variant a été détecté dans 49 pays à travers l’Europe, l’Asie et l’Amérique.

Les mesures les plus efficaces pour contrôler la propagation de ce variant sont donc celles permettant de réduire sa transmission au sein de la population (porter un masque, fermer les commerces « non essentiels », réaliser des tests diagnostiques, isoler les personnes infectées, …). La fermeture des écoles est présentée comme le dernier recours. En effet, d’après les dernières études, les enfants de moins de 10 ans ont une sensibilité à l’infection beaucoup plus basse que les adultes. De plus, la fermeture prolongée des écoles a de lourdes conséquences sur la santé physique et mentale des enfants (malnutrition, violences familiales, …).

Surveiller ces variants en séquençant le génome des virus qui circulent au sein de la population est également primordial afin d’anticiper des changements dans la dynamique de circulation du virus. Le « COVID-19 Genomics UK » est l’un des meilleurs exemples de collaboration entre le gouvernement, les institutions publiques et les laboratoires privés britanniques pour la surveillance des variants. Malheureusement, cette surveillance n’est pas mise en place dans tous les pays à cause de différents facteurs, comme le manque d’infrastructures, d’expertise ou de volonté politique.

Au fur et à mesure que la pandémie progresse, de nouveaux variants continueront d’apparaître. Il est donc primordial que des accords et une coopération entre les pays soient instaurés, aussi bien en termes de partage de données de séquences pour la surveillance des variants, que pour la mise en place d’actions globales pour contrôler la propagation de ces nouveaux variants.

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