Les variants du SARS-CoV-2

Manaus est l’une des villes les plus touchées du Brésil. Alors que celle-ci avait atteint le pourcentage d’infectés nécessaire à l’apparition d’une immunité collective (voir lettre News-COVID-19.info 14-20 décembre 2020), elle a cependant connu une seconde vague en décembre 2020. On a alors récolté 31 échantillons pour essayer de comprendre la résurgence de la pandémie parmi lesquels on en a relevé 13 relatifs à une nouvelle lignée du SARS-CoV-2, appelée P.1.

Ce n’est pas le seul pays à présenter des variants. Ainsi, en décembre dernier on a identifié un nouveau variant au Royaume-Uni, appelé B1.1.7, plus contagieux que le SARS-CoV-2 déjà connu. Toutefois, sa contagiosité n’est pas le plus grand problème. Ce serait surtout son échappement au système immunitaire, rendant alors les réinfections possibles et une diminution dans l’efficacité de nos vaccins actuels.

Ce ne sont malheureusement pas les 2 seuls variants actuels. En Afrique du Sud, le 501Y.V2 a fait son apparition. Plusieurs mutations de son génome (appelées K417T, E484K et N501Y) ont conduit à la modification du domaine de fixation au récepteur ACE2, nécessaire à l’infection de nos cellules. Cette modification de protéine de surface, et tout particulièrement la mutation E484K, pourrait conduire à un échappement immunitaire du virus. Nos anticorps,  qui composent pourtant notre première ligne de défense, pourraient ne pas reconnaitre ce nouveau variant.

Quelles conséquences ces variations peuvent-elles avoir ? Il semble difficile de le savoir. En effet, le variant brésilien, P.1 (K417N, E484K, N501Y), n’a peut-être aucun lien avec la résurgence de la pandémie à Manaus. Cela pourrait être simplement dû à une immunité de la population sur le déclin. Cela s’expliquerait aussi par une virulence plus élevée du virus, comme pour le variant B1.1.7, sans que celui-ci réussisse à échapper à notre système immunitaire. Et ces deux explications ne sont pas exclusives.

Plusieurs questions se posent et de nouvelles études sont en cours. Pour le moment, l’étude des mutations de ces différents variants suggère qu’ils ont émergé de manière complétement indépendante, sous la pression d’une infection grandissante de la population.

Il a cependant été possible de mettre en évidence une mutation commune à tous ces variants, appelée N501Y ou Nelly, d’un nom plus courant. Cette mutation favorise la fixation du SARS-CoV-2 au récepteur ACE2 mais ne semble pas pour autant le rendre plus dangereux.

Pour le moment, la possibilité que le virus devienne résistant aux vaccins déjà réalisés n’est pas écartée. Adopter la bonne stratégie de vaccination devient alors encore plus important, afin de pas booster l’évolution de ces variants déjà émergents. Par exemple, le Royaume-Uni a décidé d’étendre à 12 semaines la période entre la première et seconde dose du vaccin contre les 4 semaines préconisées par des études cliniques, afin de permettre à plus de gens d’obtenir leur première dose et de développer une première immunité cependant moins efficace. Aux Etats-Unis, toutes les doses commandées ont été distribuées. Cependant, 50% des vaccins, normalement destinés à la seconde dose, n’ont pas été gardés, ce qui est très risqué dans le cas de ruptures de stocks.