Quels sont les effets des mutations du Variant sud-africain ?

Ils ont ainsi produit 18 types de pseudovirus, comprenant différentes combinaisons des 8 mutations retrouvées dans la protéine Spike du variant sud-africain, comparé au variant basal (variant portant uniquement la mutation D614G).

Ces scientifiques ont testé tout d’abord la capacité de ces différents virus mutants à infecter des cellules. Ainsi, aucune différence significative n’a été observée dans l’infectiosité de ces différents mutants par rapport à la souche basale. Ils ont ensuite évalué la sensibilité de ces mutants à des anticorps monoclonaux neutralisants. La majorité de ces anticorps monoclonaux ont une activité de neutralisation diminuée pour les virus mutants comparés à la souche virale basale. Ces chercheurs ont observé que le nombre de mutations dans le domaine RBD (domaine en interaction avec le récepteur cellulaire ACE2 pour l’entrée de la particule virale dans la cellule) est corrélé à l’aptitude du virus à échapper aux anticorps. E484K et N501Y apparaissent comme les principales mutations responsables de cette diminution de la neutralisation. La position 484 correspond à un épitope important (région ciblée par les anticorps) et fait l’objet de nombreuses mutations déjà décrites (E484A, E484G, E448D et E484K). En revanche, la mutation K417N serait responsable d’une meilleure sensibilité à la neutralisation : celle-ci pourrait favoriser la stabilité d’une conformation « ouverte » de la protéine S, rendant cette région plus accessible aux anticorps.

Les résultats de cette étude montrent une diminution de la neutralisation du variant sud-africain par les anticorps. Cela peut être inquiétant pour l’efficacité des vaccins développés contre la souche basale du SARS-CoV-2. Néanmoins cette étude est seulement fondée sur des virus pseudotypés qui servent de modèle d’étude mais peuvent ne pas refléter le comportement d’un virus complet réplicatif.