Lettre hebdomadaire :
du 14 au 20 décembre
Niveau de difficulté :
La pandémie au Brésil : l’immunité collective serait-elle un mythe ?
L’infection par le SARS-CoV-2 ne semble pas conférer une immunité collective dans le cas où ce virus se propage à l’échelle de grandes villes.
Le Brésil est en effet l’un des pays aujourd’hui les plus touchés par la pandémie COVID-19. Manaus, la capitale et la plus large métropole de la région amazonienne avec plus 2 millions d’habitants et une densité de population de 158 habitants / km2, est l’une des villes les plus infectée du pays.
En supposant un R0 = 2,5 à 3,0 pour la région amazonienne (ce chiffre représente le nombre de cas attendus directement engendré par un cas infecté), le pourcentage d’infection devrait atteindre 89% à 94%. Or, lorsque ce pourcentage dépasse celui communément accepté pour une immunité collective, qui est de 60 à 67%, alors chaque infection générera moins d’une seule nouvelle infection.
Mais est-on sûr des statistiques au sujet de cette grande ville ? Une récente étude s’intéresse au taux d’infection par la détection d’anticorps IgG spécifiques d’une protéine du SARS-CoV-2 (la protéine N) en testant des échantillons de sangs provenant de la banque du sang de Manaus.
On a rapporté que la sensibilité du test réalisé sur ces poches de sang est imparfaite. Ainsi, celle-ci a d’abord été testée chez différents cas de COVID-19, une vingtaine de jours après apparition des symptômes. Cependant, chez des patients sévèrement touchés par le SARS-CoV-2, le test s’est révélé sensible à 91,8%, suggérant donc qu’environ 8% des cas sévères ne développaient pas de concentration détectable d’anticorps IgG anti-N. De plus, chez des cas moyennement sévères, ce pourcentage descend à 84,5%. Mais 50 à 121 jours après l’infection, chez les mêmes patients touchés moyennement par le virus, le pourcentage passe à 80,4%, signalant une production déclinante d’anticorps.
Par ailleurs, on a testé le sang provenant des banques de Manaus et de São Paulo, de février à octobre 2020 : en février et mars, moins de 1% des échantillons se sont relevés positifs, ce qui est cohérent puisque le premier cas à Manaus a été annoncé le 13 mars, et le premier cas à São Paulo, le 12 février. En avril, 44,5% des échantillons de Manaus étaient positifs, en juin, 52,5%. A São Paulo, ce pourcentage aussi a augmenté, atteignant 13,6% en juin. Entre juin et octobre, la seroréversion, c’est-à-dire le retour à la normale de la production d’anticorps mais aussi l’effet de l’implémentation de mesures comme le port du masque, commencent à apparaître avec seulement 25,8% des échantillons positifs pour des IgG anti-N en octobre à Manaus. En prenant en compte l’appauvrissement en IgG anti-N au fil des mois suivant l’infection, le pourcentage corrigé d’échantillons positifs pourrait avoir attend les 66,2% en juillet, et jusqu’à 76% en octobre.
C’est ce qu’on peut représenter de la façon suivante :
Estimation de la proportion de la population de Manaus infectée par le SARS-CoV-2 (séropositivité anti-N)
Contrairement à ce que l’on pourrait penser, bien que la ville de Manaus présente plus de cas d’infections, il a été rapporté plus de morts dans la ville de Sao Paulo : jusqu’au 1er octobre 2020, on dénombre 2 642 morts par million d’habitants à Manaus alors qu’il y a eu 12 988 morts par million d’habitants à Sao Paulo, compte tenu de sa forte proportion de personnes âgées.
Cette étude montre l’impact que l’épidémie peut atteindre, sans grandes mesures gouvernementales, dans le cas où la population est très dense et où le contexte socio-économique est défavorable. Au sein de Manaus, il n’a pas été possible d’observer l’apparition d’une immunité collective contre le SARS-CoV-2, normalement atteinte lorsque 60 à 67% de la population est infectée par un virus. L’infection par le SARS-CoV-2 ne semble donc pas conférer une immunité très longue, ce qui pourrait expliquer ces résultats. Nous sommes donc bien loin de l’apparition d’une immunité collective.
