Lettre hebdomadaire :
1-7 Mars 2021
Niveau de difficulté :
Les vaccins seraient efficaces contre le variant anglais
Les vaccins en cours de déploiement ont pour principal but d’induire des anticorps neutralisants, chez l’individu, qui vont bloquer l’entrée du virus dans la cellule hôte. Il semble que ces vaccins restent adaptés pour lutter contre le variant anglais.
Pour le comprendre, il faut rappeler que plusieurs anticorps neutralisants sont en cours d’essais cliniques dans le but de prévenir ou traiter la COVID-19. Spike, la protéine virale qui interagit avec le récepteur cellulaire ACE2 et régit l’entrée dans la cellule, est la principale cible de ces anticorps. Le nombre impressionnant de personnes infectées compense la faible tendance du SARS-CoV-2 à muter, ce qui rend inexorable l’apparition de nouveaux variants. Certaines mutations de Spike peuvent permettre le passage de l’homme à l’animal, mais aussi une meilleure transmission, une meilleure réplication, ou un échappement aux anticorps neutralisants. Ces capacités accrues favorisent la diffusion de nouvelles souches, comme les variants anglais (B.1.1.7), sud-africain (B.1.351), ou brésilien (P.1).
Le variant anglais, détecté pour la 1ère fois en septembre 2020, s’est rapidement propagé et a provoqué plus d’hospitalisations en Angleterre que lors de la 1ère vague. Il est 30 à 60% plus infectieux que les souches datant du début de la pandémie. Il contient 9 mutations de Spike : N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1119H et les suppressions (perte d’acides aminés) en position 69-70 et 144.
Mutations du variant anglais :
Des chercheurs de l’Université d’Oxford ont comparé la capacité du virus Victoria (issu de la 1ère vague) et du variant anglais B.1.1.7 à interagir avec une batterie d’anticorps, en réalisant des tests de neutralisation in vitro. Dans leur propre stock d’anticorps les plus efficaces qu’ils ont précédemment caractérisés (voir précédent article des mêmes auteurs), 19 ciblent RBD (domaine de liaison avec ACE2) et un cible le domaine N-terminal (NTD), domaine qui n’interagit pas avec ACE2.
L’étude inclut aussi certains anticorps référencés et autorisés en thérapies d’urgences, ainsi que des anticorps issus de 2 essais cliniques (Astrazeneca, Regeneron) et des échantillons sanguins de patients convalescents (dont certains infectés par le B.1.1.7) ou vaccinés (Astrazeneca, Pfizer). Globalement, ces anticorps neutralisants sont très efficaces sur la souche Victoria et moins sur le B.1.1.7, mais de manière hétérogène. Cette réduction d’efficacité est très marquée pour certains anticorps, mais non pour tous.
En utilisant la technique BLI (biolayer interferometry), les chercheurs ont montré que la mutation N501Y (mutation commune aux variants anglais, sud-africain et brésilien) à elle seule augmente de 7 fois l’affinité pour ACE2. Cette augmentation va de pair avec une diminution du pouvoir neutralisant des anticorps. L’anticorps anti-NTD, qui ne cible pas le RBD, réduit de 5,7 fois cette liaison sans que l’on comprenne pourquoi. Des modélisations mathématiques et des analyses structurales (cristallographie) montrent que les anticorps perdant ce pouvoir neutralisant entrent en compétition avec ACE2 pour les points de fixation au RBD. C’est principalement la mutation N501Y qui affaiblit la liaison des anticorps. Certains anticorps référencés et actuellement utilisés en thérapie ne neutralisent pas le B.1.1.7, en raison d’un contact altéré avec cet acide aminé 501. L’influence des suppressions 69-70 et 144 est plus modeste.
Finalement, la protection par les anticorps dirigés contre une souche de la 1ère vague diminue, mais reste robuste contre le variant anglais. Il n’y a donc pas de réel échappement vaccinal, ce qui suggère que les vaccins actuels seront efficaces contre cette souche. De plus, plusieurs autres mécanismes participent à la protection : la réponse T, la fonction Fc des anticorps (voir lettre News-COVID-19.info 22-28 Février 2021), l’activation du complément. Il n’est toujours pas démontré si les 3 variants (anglais, sud-africain et brésilien) mènent à des symptômes plus sévères ou s’ils permettent un échappement in vivo. Certains vaccins sont actuellement réajustés pour répondre à ces variants. Janssen et Novavax ont récemment déclaré avoir des candidats efficaces contre le variant anglais. On ne sait pas non plus si la protection provoquée par un des 3 variants est efficace contre les autres ou contre les souches de la 1ère vague.
