Un meilleur vaccin à partir du variant sud-africain ?

Un nombre important de nouveaux variants du SARS-CoV-2 a été identifié ces derniers mois, notamment le variant sud-africain, apparu en octobre 2020 et devenu rapidement dominant en Afrique du Sud. Ce variant comporte 3 mutations caractéristiques dans le domaine RBD de la protéine de surface Spike (S) : K417N, E484K et N501Y. Ce domaine est particulièrement surveillé car il est en contact avec le récepteur cellulaire ACE2 pour l’entrée du virus dans la cellule, et constitue la principale cible des anticorps neutralisants. En particulier, la mutation E484K semble conférer au virus un échappement aux anticorps. Des chercheurs de l’Institut Africain de Recherche en Santé (AHRI, Durban, Afrique du Sud) et de l’Université de KwaZulu-Natal (Durban, Afrique du Sud) viennent de montrer que le variant sud-africain échappe à la neutralisation des anticorps dirigés contre les autres variants, mais il pourrait servir de modèle à un vaccin à large spectre.

Pour cela, les chercheurs ont collecté le sérum de 14 patients infectés durant la 1^ère vague de l’épidémie et contenant des anticorps. Il apparaît, grâce aux séquençages des génomes viraux, que 13 de ces patients ont été infectés par la souche d’origine de Wuhan (aucune mutation du génome viral). En revanche, le génome viral d’un des patients révèle la présence de la mutation E484K uniquement, sans les autres mutations caractéristiques du variant sud-africain.

On a aussi prélevé le sérum de patients infectés par le variant sud-africain pendant la 2^ème vague de l’épidémie (confirmé par séquençage). Tout d’abord, les virus de la souche d’origine sont bien neutralisés par le sérum des patients infectés par cette souche, mais également par le sérum des patients infectés par le variant sud-africain. Cependant, le variant sud-africain montre clairement un échappement à la neutralisation par le sérum des patients infectés par la souche d’origine du virus. Il est toutefois bien neutralisé par le sérum du patient infecté par le virus comportant uniquement la mutation E484K. Il reste que ce résultat est difficile à interpréter car il n’y avait que le sérum d’un patient dans ce cas.