Les super-propagations de Boston

 Le SARS-CoV-2 est responsable de plus de 50 millions d’infections à travers le monde et de plus d’un million de morts. Des études sur la transmission de la COVID-19 mettent en lumière des clusters de transmission, généralement des rassemblements de personnes dans des lieux fermés, comme par exemple une entreprise, une église ou un établissement de santé. Ces clusters impliquent parfois un évènement de super-propagation où un seul individu infecté transmet le virus à de très nombreuses personnes. Ces super-propagateurs sont reconnus comme tenant un rôle important dans la diffusion d’une épidémie.

Mais les circonstances de ces évènements et leur impact sur l’épidémie sont encore peu étudiés. Les données de séquençage des génomes viraux provenant des personnes infectées impliquées dans ces évènements de super-propagation et l’analyse phylogénétique de ces séquences permettent généralement de les distinguer d’une simple transmission locale intense, pendant laquelle plusieurs personnes distinctes sont responsables de l’entrée du virus dans la population.

Des chercheurs hospitaliers et universitaires de Boston ont effectué une analyse phylogénétique de 772 génomes de SARS-CoV-2 provenant d’infections dans la région de Boston durant la 1^ère vague de la pandémie, entre mars et mai 2020. Les génomes viraux ont été séquencés à partir d’écouvillons naso-pharyngés. Cette analyse permet de construire des « arbres phylogénétiques » en fonction des mutations des génomes viraux. Plus les génomes sont proches, plus leur distance dans l’arbre phylogénétique le sera également. Les chercheurs ont pu ainsi déterminer le ou les virus ancestraux responsables de la diffusion.

La première observation est qu’une minorité d’importations du virus serait à l’origine d’une majorité d’infections : 29% des introductions de virus, dans la région de Boston, seraient responsables de 85% des cas d’infection. Certaines mutations permettent de suivre des groupes de transmission du virus : par exemple, la mutation C2416T a été la première de la région de Boston le 14 février 2020. D’autres mutations, comme la G3892T ou la C20099T, sont apparues entre mars et début avril 2020.

On a analysé ces 2 évènements de super-propagation. Le premier a eu lieu dans une maison de retraite où de multiples cas d’infections ont été repérés sur une courte période. 85% des résidents et du personnel soignant ont été testés positifs au SARS-CoV-2 et 83 génomes viraux ont pu être séquencés. Une mutation-clef (G38922T) apparait commune chez les personnes infectées dans la maison de retraite, ce qui suggère un évènement de super-propagation. La transmission du virus dans ces établissements, où sont regroupés un grand nombre de personnes à risque, peut avoir un fort impact sur la mortalité.

Le second évènement est un séminaire d’entreprise, ayant eu lieu à Boston les 26 et 27 février 2020, à l’origine d’une propagation locale et internationale. Une centaine de personnes auraient été infectées et 28 de ces génomes viraux ont pu être séquencés. Ils portent tous la mutation C2416T. Le super-propagateur responsable de ce cluster serait un européen participant à la conférence puisque cette mutation-signature a été retrouvée durant la même période en Europe. Cette mutation s’est ensuite répandue à travers les États-Unis : on l’a repérée dans 29 Etats et a représenté 1.9% des variants dans le pays au 1^er novembre 2020. Finalement, cet évènement de super-propagation a été responsable de 50 000 infections aux États-Unis. Il faut toutefois noter que tous les clusters ne sont pas le résultat d’un évènement de super-propagation, mais simplement parfois d’une diffusion rapide au sein d’une communauté à partir de plusieurs entrées du virus.