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Vulgarisation scientifique des avancées de la recherche sur la COVID-19

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Les États-Unis en retard ?

En novembre 2020, les scientifiques anglais remarquèrent un nombre croissant de prélèvements COVID-19, indépendants les uns des autres, contenant une lignée particulière de SARS-CoV-2 dans le comté de Kent, au sud-est de Londres. Les semaines suivantes, il fut établi que cette lignée, B.1.1.7 dit « variant anglais », portait plusieurs mutations qui la rendait plus transmissible et plus virulente. Quelques semaines après, plusieurs évènements indépendants ont introduit cette lignée aux Etats-Unis. Mais, les efforts pour collecter des données génomiques ont été insuffisants, puisque seulement 0,43% des cas COVID-19 ont alors été séquencés et déposés sur les bases de données publiques. Ce taux était de 5% en Angleterre. La surveillance génomique, pourtant capitale, est largement sous-estimée et rarement récompensée. Alors, comment augmenter son efficacité pour détecter les variants ? Comment la rendre homogène au niveau national ?

La difficulté n’est pas de séquencer plus. Elle est plutôt d’établir un programme systématique visant à séquencer des échantillons pertinents, les associer aux données cliniques précises de l’infection et finalement les déposer rapidement dans les bases de données publiques. Mais lors d’une pandémie, les évènements prennent le pas sur le travail de collection et de publication des données. Par exemple, les deux premières publications décrivant l’arrivée du variant anglais aux Etats-Unis datent d’avril 2021, alors que cette souche y est déjà dominante. Pour la grippe, le délai moyen entre le prélèvement et le dépôt de la séquence dans la base de données GISAID (Global Initiative On Sharing Avian Influenza Data), où sont aussi déposées les données COVID-19, est de 19 jours en Angleterre contre 37 aux Etats-Unis. La détection des variants par surveillance génomique y est donc très lente.

Par la suite, le variant anglais a rapidement été rejoint par les variants sud-africain (B.1.351) et brésilien (P.1). Ce dernier est capable de réinfecter des patients déjà immunisés et il est désormais établi en Floride, Illinois et Massachussetts. D’autres variants émergent encore, dont les B.1.427, les B.1.429 et B.1.526 considérés comme préoccupants par le Center for Disease Control (CDC), tout comme l’a été le B.1.1.7 (variant anglais) auparavant. Récemment un nouveau variant a été décrit en Angola, très éloigné de ceux déjà connus.

A mesure que nous déployons des vaccins pour lutter contre lui, nous devons garder un œil sur le SARS-CoV-2. La surveillance génomique n’est peut-être pas le plus captivant des domaines scientifiques, mais elle est indispensable pour suivre l’état de la pandémie en temps réel. Elle doit être soutenue dans tous les pays. Le 16 avril 2021, la Maison-Blanche a annoncé investir 1,7 milliards $ dans l’épidémiologie génomique, ce qui devrait permettre d’optimiser ces programmes et de combler les lacunes.

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