A quels domaines de Spike les anticorps s’attaquent-ils ?

La plupart des vaccins développés contre le SARS-CoV-2 permettent la production d’anticorps dirigés contre la protéine de surface Spike (S) du virus. Celle-ci comprend plusieurs domaines, le principal étant le domaine RBD (pour « Receptor Binding Domain »), région qui se lie au récepteur cellulaire ACE2 permettant l’entrée de la particule virale dans la cellule. D’autres domaines, comme le NTD (pour « N Terminal Domain ») n’ont pas encore un rôle bien connu. Des chercheurs américains (Universités du Texas et de Caroline du nord) viennent d’analyser les régions (épitopes) ciblées par les anticorps dirigés contre la protéine S.

Pour cela, ces chercheurs ont collecté des échantillons de sang de patients infectés par le SARS-CoV-2 et ayant développé une forme bénigne. Ils ont sélectionné les anticorps dirigés contre la protéine S. La première observation est que les anticorps dirigés contre le domaine RBD ne représentent qu’une faible proportion de ces anticorps, soit moins de 20%. Parmi les anticorps dirigés contre des épitopes situés en dehors de la région RBD, certains s’attaquent au domaine NTD. Ces anticorps dont les épitopes sont situés en dehors du domaine RBD protègent contre une infection par le SARS-CoV-2.

Certains variants qui circulent actuellement comportent des mutations dans le domaine NTD, comme le variant anglais (nouvelle nomenclature OMS : a) ou sud-africain (nouvelle nomenclature OMS : b). Ces variants peuvent échapper au système immunitaire d’un individu ayant été infecté par une souche non mutée et ayant développé principalement des anticorps anti-NTD.

En conclusion, contrairement à ce que l’on pourrait croire, la plupart des anticorps dirigés contre la protéine S du virus ne ciblent pas le domaine RBD, pourtant responsable de l’entrée du virus dans la cellule. Ces anticorps dont les épitopes sont situés en dehors du domaine RBD jouent donc un rôle important dans la protection contre le SARS-CoV-2.