Lettre hebdomadaire :
1-7 Mars 2021
Niveau de difficulté :
Le variant sud-africain échapperait partiellement à la vaccination
Le SARS-CoV-2 a infecté 106 millions de personnes et en a tué 2.3. Plusieurs candidats-vaccins ont été développés par différentes firmes (Novavax, Janssen, Moderna, Pfizer-BioNTech, Oxford-AstraZeneca) fondés sur des technologies diverses (ARN, vecteurs adénovirus, …). Tous ces vaccins ont été développés à partir des séquences de la protéine virale de surface Spike (S) provenant de la souche de Wuhan à l’origine de l’épidémie. Or le virus a muté. Dès lors, on ne peut que se demander si les vaccins mis au point restent efficaces.
En effet, durant les dernières semaines, de nombreux variants sont apparus en divers endroits du globe. Le 1er identifié a été le variant anglais en octobre 2020. D’autres ont ensuite été rapportés, notamment le sud-africain en octobre ou le brésilien en décembre. Ces nouvelles souches virales possèdent chacune 9 à 12 mutations ou délétions (ou suppressions), principalement dans la protéine S, mais possèdent un point commun : certaines mutations sont situées dans le domaine RBD. Le domaine RBD (pour « Receptor Binding Domain ») est la région de la protéine S qui se lie au récepteur cellulaire ACE2 permettant à la particule virale d’entrer dans la cellule. Cette région est également la cible de nombreux anticorps neutralisants. La protection face à l’infection acquise naturellement ou grâce au vaccin repose principalement sur le blocage de cette interaction entre RBD et le récepteur ACE2.
Les 3 variants ont donc acquis des mutations dans le domaine RBD : N501Y pour le variant anglais, K417N, E484K et N501Y pour le sud-africain, et K417T, E484K et N501Y pour le brésilien. Ces mutations semblent conférer à ces 3 variants une plus grande transmissibilité, confirmée pour la souche anglaise. Cet avantage sélectif leur a permis de devenir très rapidement majoritaire dans les régions où ils sont apparus.
Variant sud-africain
Des chercheurs de l’Université d’Oxford ont évalué la capacité du variant sud-africain d’échapper à l’immunité induite par une infection naturelle ancienne d’un autre variant, ou par la vaccination (vaccins développés à partir des séquences de la souche à l’origine de la pandémie). Pour cela, ils ont réalisé des tests de neutralisation du variant sud-africain à partir d’anticorps monoclonaux, de sérums de patients déjà infectés, ou de sérums de personnes vaccinées avec le vaccin Pfizer-BioNTech ou Oxford-AstraZenecca.
Ils ont tout d’abord effectué des tests de neutralisation du variant sud-africain avec du sérum de différents patients déjà infectés, soit avec la souche de Wuhan, soit par le variant anglais. Il est apparu que la neutralisation par le sérum des patients infectés par la souche de Wuhan, et dans une moindre mesure celle par le sérum des patients infectés par le variant anglais, est moins efficace. Une sélection de 20 anticorps monoclonaux ciblant la protéine S ne neutraliserait pas, dans leur ensemble, le variant sud-africain. Peu d’entre eux restent efficaces contre ce variant.
Concernant la neutralisation par le sérum des personnes vaccinées (Pfizer-BioNTech ou AstraZeneca), celle-ci est également nettement moins efficace pour le variant sud-africain que pour la souche d’origine. Des données récentes suggèrent que le vaccin Novavax aurait seulement une efficacité de 60% en Afrique du Sud où le variant sud-africain est présent dans 92% des cas, alors que son efficacité sur la souche d’origine est de plus de 95%. De même, le vaccin Janssen ne serait efficace qu’à 57% en Afrique du Sud (72% sur la souche de Wuhan).
C'est ce qu'on peut représenter de la façon suivante :
Cette étude a donc permis de démontrer que le variant sud-africain est plus complexe à neutraliser que la souche d’origine de Wuhan, que ce soit par des anticorps monoclonaux, par le sérum de patients infectés ou par le sérum de patients immunisés avec une vaccination contre le SARS-CoV-2.
