Le SARS-CoV-2 a infecté 106 millions de personnes et en a tué 2.3. Plusieurs candidats-vaccins ont été développés par différentes firmes (Novavax, Janssen, Moderna, Pfizer-BioNTech, Oxford-AstraZeneca) fondés sur des technologies diverses (ARN, vecteurs adénovirus, …). Tous ces vaccins ont été développés à partir des séquences de la protéine virale de surface Spike (S) provenant de la souche de Wuhan à l’origine de l’épidémie. Or le virus a muté. Dès lors, on ne peut que se demander si les vaccins mis au point restent efficaces.
En effet, durant les dernières semaines, de nombreux variants sont apparus en divers endroits du globe. Le 1er identifié a été le variant anglais en octobre 2020. D’autres ont ensuite été rapportés, notamment le sud-africain en octobre ou le brésilien en décembre. Ces nouvelles souches virales possèdent chacune 9 à 12 mutations ou délétions (ou suppressions), principalement dans la protéine S, mais possèdent un point commun : certaines mutations sont situées dans le domaine RBD. Le domaine RBD (pour « Receptor Binding Domain ») est la région de la protéine S qui se lie au récepteur cellulaire ACE2 permettant à la particule virale d’entrer dans la cellule. Cette région est également la cible de nombreux anticorps neutralisants. La protection face à l’infection acquise naturellement ou grâce au vaccin repose principalement sur le blocage de cette interaction entre RBD et le récepteur ACE2.
Les 3 variants ont donc acquis des mutations dans le domaine RBD : N501Y pour le variant anglais, K417N, E484K et N501Y pour le sud-africain, et K417T, E484K et N501Y pour le brésilien. Ces mutations semblent conférer à ces 3 variants une plus grande transmissibilité, confirmée pour la souche anglaise. Cet avantage sélectif leur a permis de devenir très rapidement majoritaire dans les régions où ils sont apparus.