Le variant brésilien est apparu à Manaus

Le Brésil a été l’un des pays le plus durement touché par la crise sanitaire liée à la COVID-19 et a enregistré plus 13 millions de cas et 300 000 morts jusqu’en mars 2021. L’Amazonas et sa capitale Manaus sont parmi les provinces les plus infectées puisque la population aurait été touchée aux deux tiers jusqu’en octobre 2020. Mais ce taux n’a pas été suffisant pour éviter une 2^ème vague de transmission et de décès à la fin de l’année 2020 et au début 2021. Une étude internationale vient de montrer que cette 2^ème vague est à l’origine de l’apparition d’un nouveau variant à Manaus, appelé lignée P1.

Pour cela, ces chercheurs ont séquencé le génome du virus de 184 échantillons de patients infectés par le SARS-CoV-2 entre novembre et décembre 2020 à Manaus. Ils ont ainsi découvert un nouveau variant, nommé P1, qui contient 17 mutations dans sa séquence, dont 10 dans la protéine de surface Spike (S). 3 de ces 10 mutations (K417T, E484K et N501Y) sont situées dans le domaine RBD, domaine de liaison au récepteur cellulaire ACE2 permettant l’entrée du virus dans la cellule. Ces 3 sites de mutation, également présents sur le variant sud-africain, pourraient être à l’origine d’une augmentation de sa transmissibilité. La mutation E484K pourrait de plus réduire la neutralisation du virus par les anticorps.

Les scientifiques ont ensuite réalisé une analyse phylogénétique appelée « horloge moléculaire », afin d’estimer la date d’apparition de ce variant. Les résultats montrent que le virus serait apparu entre le 6 octobre et le 24 novembre 2020 à Manaus. Enfin, grâce à une modélisation mathématique, ils ont pu estimer que le variant P1 serait 1,7 à 2,4 fois plus transmissible que la souche d’origine, et aurait 21 à 46% de risques supplémentaires d’échapper à l’immunité acquise par l’infection de la souche d’origine. 

Le nouveau variant, dit brésilien ou P1, apparu mi-novembre 2020 et à l’origine d’une 2^ème vague de contamination à Manaus, s’est ensuite rapidement propagé à travers le Brésil. Il est maintenant détecté dans plus de 36 pays. Cela démontre la nécessité de surveiller l’apparition de ces nouveaux variants afin d’évaluer notamment l’efficacité réelle des vaccins face à ces nouvelles souches du virus.