Lettre hebdomadaire :
5-11 Avril 2021
Niveau de difficulté :
Le variant anglais gagnerait tous les États-Unis
A partir de la souche d’origine de Wuhan, de nouveaux variants du SARS-CoV-2 plus transmissibles ont émergé. Parmi eux, le variant anglais, découvert au Royaume-Uni durant le 3ème trimestre 2020, est devenu rapidement majoritaire dans le pays. Ce variant porte un certain nombre de mutations, notamment dans la protéine Spike (S), comme par exemple la mutation N501Y et la délétion ou la perte de 2 acides aminés en position 69-70. Des chercheurs californiens ont étudié la prévalence et la dynamique de propagation de ce variant à travers les États-Unis. Il serait arrivé dans le pays à l’automne 2020 et se serait propagé dans plus de 40 états en février 2021.
Les chercheurs ont tout d’abord estimé le nombre de variants anglais sur le nombre de test PCR positifs et ont vérifié ces données en séquençant un certain nombre de ces PCR. En effet, le résultat de certains d’entre eux permet d’estimer le nombre de mutants : la délétion en position 69-70 rend en effet indétectable la cible S, l’une des 3 cibles détectées par le test.
Le variant anglais représentait 1.4% des PCR positives début octobre 2020 et ce chiffre a augmenté de manière régulière les semaines suivantes. Le taux de progression de ce variant est en moyenne de 7.5% par jour dans le pays, mais il existe une disparité entre les Etats, ce qui s’explique par des protocoles sanitaires différents, mais aussi des densités de populations variables.
En réalisant des analyses phylogénétiques, les scientifiques se sont aperçus que le variant a été introduit à plusieurs endroits dans le pays, de manière indépendante, entre novembre 2020 et janvier 2021. Selon leurs calculs, il est devenu le variant majoritaire le 19 mars 2021. Ces chercheurs ont également calculé que le variant anglais était de 41% plus transmissible que la souche d’origine.
La propagation du variant anglais du SARS-CoV-2 aux États-Unis a donc suivi la même trajectoire que dans les autres pays où il est devenu dominant. Sans action sanitaire préventive, sa propagation, d’une transmissibilité augmentée, risque d’avoir de lourdes conséquences sur la mortalité dans les prochains mois pour le pays.
