Comment le virus s’est propagé en Afrique

Le continent africain représente moins de 4% des cas et des décès liés à la COVID-19 dans le monde. Toutefois, ces chiffres sont peut-être sous-estimés et la 2^ème vague (janvier 2021) de la pandémie y a été supérieure à la 1^ère (juillet 2020) dans de nombreux pays. La plupart a rapidement mis en place des mesures sanitaires, notamment le contrôle des voyages internationaux et des confinements pour limiter la propagation du virus et permettre aux services de santé d’avoir le temps de se préparer. La première vague de la pandémie a frappé le continent de façon assez hétérogène, avec de nombreux cas rapportés dans le nord et le sud de l’Afrique mais peu dans les autres régions. Une étude internationale s’est intéressée à la dynamique du SARS-CoV-2 en Afrique.

Pour cela, les chercheurs ont réalisé des analyses phylogénétiques et phylogéographiques à partir des données de génomique de 33 pays africains, ainsi que de Mayotte et de La Réunion. Ils ont ainsi analysé 8 746 génomes séquencés jusqu’à la fin mars 2021 et ont observé plus de 757 introductions du virus sur le continent entre début 2020 et février 2021. Durant la 1^ère phase de l’épidémie, les importations du virus proviennent principalement d’Europe, à 64%.

Les pays d’Afrique du Nord comptabilisent le plus d’introductions du virus provenant d’Europe ou d’Asie. Puis, le nombre d’importations d’autres pays d’Afrique augmente au fur et à mesure que la pandémie progresse. L’Afrique du Sud apparaît comme la source majeure d’importation des cas vers les autres pays du continent. L’Afrique a également contribué à la propagation de l’épidémie au niveau mondial avec au moins 324 cas d’exportation dans le reste du monde.

Les chercheurs ont ensuite étudié notamment la propagation du variant Bêta (Sud-Africain). Ce variant a été séquencé pour la 1^ère fois en octobre 2020 mais il semblerait qu’il ait émergé dès le mois d’août 2020. Il s’est propagé à travers l’Afrique du Sud, puis dans les pays voisins (Mozambique et Botswana) en novembre 2020. En mars 2021, ce variant est devenu prédominant en Afrique du Sud, à Mayotte et à La Réunion.

Les premières introductions du virus sur le continent africain proviennent donc d’Europe principalement, et au fur et à mesure de la progression de la pandémie, la propagation du virus entre pays d’Afrique a augmenté. La surveillance génomique est essentielle pour détecter au plus tôt l’émergence de nouveaux variants, d’autant plus probable que la vaccination à l’échelle du continent entier prend du temps.