Comment le variant Alpha s’est propagé au Royaume-Uni ?

Le variant Alpha (⍺) ou anglais a émergé en Angleterre à la fin de l’année 2020 et s’est rapidement propagé à travers le pays. Au 19 janvier 2021, ce variant avait atteint les 4 pays du Royaume-Uni. Malgré des restrictions de voyage, il est ensuite devenu dominant dans le monde entier. Les études ont montré que ce variant a une plus haute transmissibilité et pathogénicité que les souches précédentes. Des chercheurs britanniques (University of Oxford, University of Edinburgh) ont reconstruit la dynamique géographique du variant Alpha et analysé comment la mobilité humaine a pu contribuer à commencer la propagation épidémique.

Ces chercheurs ont analysé les données de mobilité humaine, de séquence des génomes du SARS-CoV-2 et celles des tests PCR au Royaume-Uni. Ils ont ainsi pu reconstruire la diffusion du variant Alpha grâce à une analyse phylo-géographique. Ce variant a été détecté pour la première fois à Kent (au sud-est de Londres) le 20 septembre 2020. Pour chaque région, les scientifiques ont observé que la date d’apparition du variant était corrélée à la mobilité humaine en provenance de Kent ou de Londres.

Ils ont ainsi pu établir plusieurs phases de propagation du variant :

• La première a eu lieu pendant le 2^ème confinement : le variant Alpha s’est propagé entre Kent et le grand Londres, sans trop de contaminations à plus longues distances.
• une 2^ème phase a eu lieu à la fin de ce confinement. Les chercheurs ont observé une propagation du sud du pays vers les autres régions, avec des contaminations plus importantes dans les grandes villes.

Cette deuxième phase s’est stabilisée à la mi-décembre 2020, au moment des restrictions sanitaires drastiques prises par le gouvernement (fermeture des commerces non essentiels, limitation des regroupements de personnes…). Ces chercheurs n’ont toutefois pas pu établir de lien direct entre la mise en place de ces mesures sanitaires et le ralentissement de la diffusion du variant.

On sait maintenant que le variant Alpha a émergé en un point géographique précis identifié rétrospectivement pour se développer majoritairement à partir de là. La diffusion particulièrement rapide de ce variant tient à une combinaison de sa haute transmissibilité et de la mobilité humaine avant, pendant et après le 2^ème confinement en Angleterre. Ces résultats rappellent le rôle primordial de la mobilité dans la propagation virale, nationale mais aussi internationale.