Lettre hebdomadaire :
9-15 Août 2021
Niveau de difficulté :
Le variant Epsilon serait plus résistant !
De nombreux variants du SARS-CoV-2 sont apparus ces derniers mois, dont le variant Californien ou Epsilon (ε). Cette nouvelle souche a émergé au début de l’année 2021, en Californie, et a été détectée en mai dans plus de 34 pays dont la France. La protéine de surface Spike de ce variant porte une mutation L452R sur le domaine RBD (région qui se lie au récepteur cellulaire ACE2 pour permettre l’entrée du virus dans la cellule) et 2 mutations S13I et W152C sur les domaines NTD (régions qui joueraient un rôle dans l’attachement du virus sur la cellule). Or, on sait que d’autres variants, comme le Bêta (β) ou sud-africain, présente une certaine résistance aux anticorps produits par la vaccination. On peut donc se demander si le variant californien a la même caractéristique. Des chercheurs américains et suisses (Department of Biochemistry, University of Washington ; Vir Biotechnology, SanFrancisco ; Humabs BioMed company, Switzerland) viennent d’évaluer la résistance du variant Epsilon.
Ces chercheurs ont tout d’abord réalisé des tests de neutralisation de pseudovirus (particules virales mimant la protéine Spike, mais incapables de se répliquer) par les anticorps de personnes vaccinées ou ayant été infectées par la souche de Wuhan. Ils ont évalué 15 sérums de personnes vaccinées avec le Moderna et 15 personnes avec le Pfizer-BioNTech. Les scientifiques ont observé une réduction du variant Epsilon d’environ 2,4 fois pour le vaccin Moderna, et de 2,3 fois pour le vaccin Pfizer-BioNTech par rapport à la souche d’origine. Au sujet des anticorps des personnes infectées, on a testé 9 sérums. Les chercheurs ont alors observé une réduction de la neutralisation de 3,5 fois pour le variant Epsilon par rapport à la souche d’origine.
Ces scientifiques ont étudié la structure de la protéine Spike, assemblée sous forme de trimères à la surface du virus, grâce à des analyses de cryo-microscopie électronique. Ils ont observé que les domaines NTD et RBD apparaissent modifiés dans leur structure du fait des mutations, ce qui expliquerait la réduction d’efficacité de neutralisation des anticorps pour ce variant. En revanche, l’affinité du domaine RBD pour le récepteur cellulaire ACE2 paraît similaire à la souche de Wuhan.
Cette étude montre que le variant Epsilon semble plus résistant à la neutralisation des anticorps produits à la suite de la vaccination ou d’une infection que la souche d’origine. Toutefois, le vaccin reste plus efficace qu’une infection ancienne par la souche d’origine pour neutraliser les variants émergents.
