Lettre hebdomadaire :
23-29 Août 2021
Niveau de difficulté :
Des évènements de recombinaison à l’origine de variants préoccupants ?
La recombinaison est un transfert de matériel génétique entre deux molécules d’acide nucléique (ADN ou ARN). Concrètement pour les virus, elle peut se produire lors de la réplication du génome viral lorsqu’un individu est co-infecté par 2 souches du virus. Ce processus peut générer un nouveau variant, portant une partie du génome de la 1ère souche, et une partie du génome de la 2ème souche. La condition la plus favorable est la circulation de plusieurs variants dans une population, ce qui se produit généralement en période de haute prévalence. Des chercheurs britanniques (University of Edinburgh, Public Health Wales NHS Trust, Cardiff, University of Liverpool) ont montré que des évènements de recombinaisons s’étaient produits à partir du variant Alpha (⍺) anglais.
Pour cela, ces chercheurs ont scanné les bases de données de séquences de SARS-CoV-2 du Royaume-Uni grâce à des analyses bioinformatiques. Le but étant de repérer les génomes viraux composés d’une partie des mutations du variant Alpha et d’une partie de mutations caractéristiques d’un autre variant, signe d’un évènement de recombinaison possible. Le virus suspect est ensuite analysé avec les données épidémiologiques et géographiques afin de déterminer si un évènement de recombinaison est en effet à l’origine de ces variations.
Au total, sur une base de données de 279 000 séquences jusqu’à mars 2021, ces chercheurs ont identifié 16 candidats recombinants, entre un variant Alpha et une autre souche européenne qui circulait largement durant cette période au Royaume-Uni (par exemple B.1.177). Ceux qui sont effectivement apparus alors n’étaient heureusement pas plus pathogènes. Le principal risque de l’émergence d’un variant recombinant serait ainsi une recombinaison entre un variant à haute transmissibilité, comme le variant Alpha, avec une souche à haute pathogénicité.
Surveiller ces évènements de recombinaison, où la souche virale acquiert tout à coup de nombreuses mutations, est donc primordial pour contrer rapidement l’émergence de nouveaux variants plus dangereux. Dans tous les cas, diminuer par 2 la prévalence du SARS-CoV-2 (c’est-à-dire le nombre de nouvelles infections), permet de diminuer par 4 le risque de co-infection par 2 variants.
