Qui est le plus contagieux ?

A l’échelle de la population, le taux de reproduction R₀ permet de suivre la dynamique de transmission de la COVID-19. A l’échelle d’un individu, quantifier et prédire cette transmission est plus difficile, en particulier lorsque les symptômes ne sont pas encore déclarés, absents ou modérés : on parle alors de PAMS, sigle anglais pour «  pre-symptomatic, asymptomatic, and mildly-symptomatic ». De plus, la contagiosité varie selon les individus, la période de la maladie ou des différents variants. Face à cette variabilité, les paramètres les plus fiables sont la mesure de la charge virale (taux d’ARN viral) et l’évaluation in vitro du potentiel infectieux (infectiosité) des prélèvements. Ils permettent d’évaluer le risque de transmission chez certains groupes de la population ou des différents variants afin d’ajuster les politiques sanitaires. Chez les patients PAMS, ces données sont rarement collectées et peuvent difficilement être reliées au jour de la déclaration des symptômes.

Pour mieux comprendre la contagiosité du SARS-CoV-2, des chercheurs allemands (Université de Berlin-Charité) ont évalué la charge virale, l’infectiosité et les séquences virales de prélèvements issus de 25 381 sujets COVID-19 (février 2020 – avril 2021). Les corrélations entre ces paramètres ont été établies par des modèles mathématiques (régressions Bayésiennes), puis ajustées selon d’autres paramètres comme l’âge, le genre, le statut clinique ou la logistique et les protocoles utilisés pour l’analyse.

Parmi ces sujets, 37,5% ont été hospitalisés à l’âge moyen de 63,2 ans, 24,1% étaient des PAMS de 38 ans en moyenne et 38,4% ont été classés « autres », à l’âge moyen de 49,1 ans. Environ 6% d’entre eux étaient porteurs du variant anglais. La valeur moyenne de la charge virale (log₁₀ du nombre de copies d’ARN/écouvillon) était de 6 pour les patients hospitalisés, de 6,9 pour les PAMS, et de 7,38 pour les porteurs du variant anglais. La charge virale était réduite (jusqu’à -0,96) chez les moins de 20 ans. La probabilité d’isoler et d’amplifier le virus in vitro est plus élevée pour les PAMS que pour les patients hospitalisés et 2,6 plus élevée pour les porteurs du variant anglais. On a ainsi prouvé la corrélation entre les valeurs de charges virales et le fait que ce variant soit plus transmissible.

Il faut en moyenne de 1 à 3 jours pour atteindre un pic de contagiosité depuis la déclaration des symptômes. Une minorité (8,78%) de patients a été classée « très infectieuse », dont 36,09% PAMS. Ils avaient en moyenne 34 ans. Chez les 4 344 sujets ayant subi plusieurs prélèvements dans le temps (80% hospitalisés), on estime qu’à partir du moment où les prélèvements sont infectieux, il ne faut que 4,31 jours pour atteindre le pic de charge virale chez les PAMS alors qu’il faut 7,4 jours chez les autres patients. Parmi ces sujets, 22,14% ont eu leur 1^er test PCR 1,4 jours avant le pic de charge virale en moyenne, les autres ayant réalisé leur 1^er test 9,8 jours après. Il faut 1,8 jours pour que les prélèvements passent de l’état non-infectieux au pic d’infection.

Cette étude comporte cependant de nombreuses limites, principalement par manque de régularité des prélèvements et parce que les cas asymptomatiques sont souvent détectés trop tard, ce qui est le cœur du problème traité ici. Pour plusieurs virus, la relation entre la charge virale et la transmission est difficile à établir. Comparée à la grippe, la contagiosité de la COVID-19 apparaît plus tôt, se termine plus tard, les charges virales sont plus élevées, et la transmission par les sujets PAMS est supérieure. Cette étude indique que les PAMS sont globalement aussi contagieux que les patients hospitalisés et qu’ils peuvent donc déclencher et alimenter des émergences à mesure qu’ils circulent normalement. La période de haute contagiosité COVID-19 apparaît plusieurs jours après la déclaration des symptômes lorsqu’ils sont présents. Ces données corroborent aussi d’autres études suggérant que 10-15% des cas COVID-19 sont responsables de 80% des transmissions. La difficulté reste de relier la contagiosité aux transmissions in vivo, qui sont très dépendantes des modes de vie. En s’appuyant sur leur travail, les auteurs concluent que les mesures de distanciations sociales et le port du masque ont grandement limité l’apparition de nouveaux foyers épidémiques.