Mieux analyser des séquençages toujours plus abondants

L’apparition et la diffusion rapide des variants du SARS-CoV-2 fragilisent potentiellement les vaccins actuels. Il est donc crucial d’identifier rapidement les nouveaux variants en les séquençant, c’est-à-dire de réaliser la lecture de la succession des lettres qui constituent leur génome.

Aujourd’hui, 610 000 génomes du SARS-CoV-2 ont été séquencés à travers le monde. Parmi ces analyses, les études phylogénétiques, dont les résultats sont généralement représentés sous forme d’arbres, sont devenus des outils importants pour le suivi des variants : plus les génomes sont proches, plus leur distance dans l’arbre phylogénétique est proche également. Mais comment ces analyses permettent-elles d’aider à surveiller l’apparition de nouveaux variants avant qu’ils deviennent majoritaires à travers le monde et que ne surviennent des problèmes de résistance aux vaccins ou aux thérapeutiques ?

• Le premier intérêt de ces analyses est de pouvoir suivre des évènements de transmission et de retracer l’origine des groupes de transmission.
• Le deuxième est de surveiller des mutations-clefs du génome viral. L’apparition ou la diffusion d’un variant portant une mutation spécifique peut par exemple modifier la stratégie vaccinale, si cette mutation confère au virus une résistance au vaccin. Un autre exemple est la découverte d’une combinaison de mutations dans les fermes de visons au Danemark qui semblait conférer au virus une résistance aux anticorps.
• Enfin ces analyses permettent d’améliorer l’estimation des données sur la pandémie, notamment le R0, chiffre-clef pour évaluer la transmission du virus.

En revanche, un des revers de la multiplication du séquençage des génomes viraux des derniers mois est le risque d’erreurs dans les séquences mises en ligne (contaminations, erreurs d’échantillons, mauvaise qualité des séquences). En effet, la précipitation pour obtenir les séquences réalisées par des laboratoires non experts augmente grandement ce risque. De plus, il existe une grande disparité selon les pays dans le nombre de génomes séquencés. L’Angleterre en a par exemple séquencé 5 000 pour 100 000 cas, les États-Unis 320 et le Brésil 30. Il faut donc tenir compte de ces disparités pour étudier la transmission des variants à travers le monde.