L’origine du SARS-CoV-2 toujours en débat

Depuis les premiers cas de COVID-19 en décembre 2019 à Wuhan, nous essayons de comprendre les origines du SARS-CoV-2. Aujourd’hui, plusieurs hypothèses sont débattues.

• Premièrement, le SARS-CoV-2 a-t-il émergé d’un réservoir animal (zoonose)?

La grande majorité des virus humains provient en effet des animaux. Les coronavirus infectent de nombreuses espèces dont les humains et quatre d’entre eux sont endémiques (HCoV-OC43, HCoV-HKU1, HCoV-229E, HCoV-NL63). Bien que l’ancêtre du SARS-CoV-2 et son réservoir n’aient pas encore été formellement identifiés, des souches virales très proches (supérieures à 96% d’identité génétique pour RaTG13) ont été retrouvées chez les chauves-souris et d’autres espèces (pangolins, civettes, chiens viverrin), en particulier dans certaines provinces rurales d’Asie (Yunnan). Les données épidémiologiques ont localisé l’épicentre de la pandémie à Wuhan où certains animaux se seraient retrouvés sur le marché de Huanan. Il est probable que plusieurs lieux de ce type aient été impliqués et que plusieurs contacts répétés aient été nécessaires pour amorcer la pandémie. De précédentes infections humaines à coronavirus ont émergé selon des scénarios similaires, dont le SARS-CoV.

• Deuxièmement, le SARS-CoV-2 a-t-il pu s’échapper d’un laboratoire ?

Un tel scénario a déjà engendré plusieurs infections par le passé, mais elles ont rapidement été contenues. La seule épidémie documentée et issue d’une erreur humaine est celle de l’influenza H1N1 de 1977, suite à des essais vaccinaux à grande échelle. Aujourd’hui, il n’existe aucune donnée montrant que le Wuhan Institute of Virology (WIV), ou tout autre laboratoire, étudiait le SARS-CoV-2 ou un possible ancêtre avant la pandémie. Parmi le personnel de ce laboratoire, aucun cas de COVID-19 ni de séropositivité n’a été rapporté. Ce scénario n’expliquerait pas non plus les multiples hospitalisations survenues avant décembre 2019. Les trois souches de coronavirus infectieux étudiées au WIV sont proches du SARS-CoV et non du SARS-CoV-2. De plus, les techniques de culture qui y étaient utilisées induisent la perte du site de clivage par la furine, étape essentielle à l’infection par le SARS-CoV-2. Les études menées au WIV n’utilisaient pas non plus de génome viral proche. La souris, modèle animal le plus utilisé pour étudier les virus, ne peut naturellement pas être infectée par le SARS-CoV-2 et aucune trace génétique d’adaptation à cet animal n’a été retrouvée.

• Troisièmement, le SARS-CoV-2 a-t-il été fabriqué génétiquement ou adapté en laboratoire afin de développer une souche pathogène pour l’homme ?

Plusieurs mutations, survenues indépendamment chez les « variants préoccupants » actuels, augmentent la contagiosité du virus en optimisant son attachement au récepteur humain ACE2. Ces mutations semblent indispensables pour son adaptation à l’homme mais étaient absentes de la souche ancestrale de Wuhan. Par ailleurs, certaines souches naturelles retrouvées chez le pangolin ont une liaison à ACE2 plus efficace que celle du SARS-CoV-2. Tout ceci écarte l’hypothèse d’une « pré-adaptation » en laboratoire du virus pandémique. Dans les souches les plus proches du SARS-CoV-2, le site de clivage par la furine est absent, ce qui a aussi alimenté les hypothèses d’une intervention humaine. Mais des signatures génétiques montrent qu’il est plus probable que ce site ait été acquis par recombinaison (mécanisme d’évolution naturel par échange de matériel génétique) auprès d’une autre souche (HKU9-1). De plus, ce site de clivage (R-R-A-R) est moins efficace que le site canonique ou général (R-X-R/K-R), et aucune activité d’ingénierie moléculaire de ce type n’a été retrouvée au WIV.

• Finalement, il n’existe à ce jour aucune preuve concrète pour affirmer que le virus provient d’un laboratoire alors que les preuves d’une zoonose naturelle s’accumulent.

Ces théories ont émergé parce que le WIV étudiait certains coronavirus au même moment, ce qui relève plutôt du hasard. De plus, Wuhan est une grande ville très peuplée, connectée à de nombreuses autres, aux niveaux national et international (voyages, commerce), et elle abrite de nombreux marchés d’animaux. Les conditions favorables à une émergence de coronavirus étaient donc réunies. Les mauvaises interprétations et la mauvaise compréhension de l’origine des zoonoses sont en partie due à l’absence d’études collaboratives coordonnées et nous exposent à d’autres émergences virales si nous reproduisons les mêmes erreurs.