Lettre hebdomadaire :
7-13 décembre 2020
Niveau de difficulté :
L’infection par le SARS-CoV-2 chez une personne immunodéprimée
Lors d’une infection par le SARS-CoV-2, l’ARN génomique viral est détecté par RT-PCR dans les narines, le pharynx et le nasopharynx, les fluides bronchoalvéolaires, le sang et les selles. Il est en généralement détectable de 3 à 46 jours après le début des symptômes, alors que la contagiosité commence 2 à 3 jours avant et décline 7 à 8 jours après. Être positif par RT-PCR n’est donc pas toujours corrélé à la contagiosité.
Cette technique peut se représenter schématiquement ainsi:
Le test de diagnostic COVID-19 par RT-PCR permet de détecter la présence de virus chez un patient au moment du prélèvement uniquement. Il repose sur la détection de l’ARN viral et est réalisé à partir d’un écouvillonnage nasopharyngé. A partir de ce prélèvement, une lyse des particules virales et une extraction de l’ARN viral sont réalisés et permettrons ensuite de détecter cet ARN grâce à une machine appelée thermocycleur. Ce test doit être réalisé en laboratoire.
Chez les patients asymptomatiques, les niveaux d’ARN viral et de virus détectés sont comparables. Les personnes immunodéprimées sont plus susceptibles de développer des cas sévères aux infections respiratoires, comme le SARS-CoV-2 ou la Grippe A. Cela concerne environ 3 millions de personnes aux Etats-Unis pour des raisons diverses : pathologies (SIDA), traitements anti-rejets pour les greffes, traitements chimio-thérapeutiques, traitements anti-inflammatoires (corticoïdes)…
Une étude clinique récente décrit le cas particulier d’une patiente immunodéprimée de 71 ans, atteinte d’une leucémie chronique et d’une hypogammaglobulinémie (faible taux d’anticorps). Admise aux urgences pour des raisons liées à sa leucémie, elle a cependant été testée positive par RT-PCR pour le SARS-CoV-2. Elle est ensuite restée positive pendant 105 jours alors que des particules virales infectieuses étaient présentes dans le nasopharynx jusqu’à 70 jours après le premier test. Il s’agit donc d’un cas de persistance extrêmement longue.
Comme cette patiente produisait naturellement peu d’anticorps, elle a reçu par intraveineuse deux traitements-anticorps anti-SARS-CoV-2 issus de donneurs convalescents. Les effets sur l’élimination du virus ont été mitigés. Malgré tout, cette patiente est restée asymptomatique tout au long de l’infection.
Dans la plupart des cas de COVID-19, on observe très peu de variants au sein d’un même individu : le virus qui a infecté le patient mute peu lorsqu’il se multiplie, probablement à cause de la pression de sélection du système immunitaire. Chez cette patiente, les populations virales (détectées par séquençage haut-débit) étaient très changeantes, principalement au niveau de la protéine Spike. Les capacités de réplication et d’infection de ces virus n’étaient pas altérées : les tests d’infection in vitro et la détection d’ARN subgénomiques attestant l’activité virale l’ont montré. La patiente était donc pleinement contagieuse.
Bien que ces résultats doivent être confirmés par un panel plus large de patients, plusieurs conclusions peuvent être tirées de cette étude :
1) Les patients immunodéprimés auraient tendance à être RT-PCR-positifs et contagieux beaucoup plus longtemps que les autres, sans forcément montrer de symptômes. Ils pourraient être davantage contagieux et contribuer à diffuser plus de formes mutées du virus.
2) La stratégie recommandée de test RT-PCR (détection d’ARN génomiques), en cas de symptômes établis, n’est pas adaptée pour évaluer la contagiosité de ces patients, puisqu’ils ne sont pas toujours symptomatiques et restent positifs plus longtemps. Il est plutôt recommandé d’effectuer, en complément, des détections d’ARN subgénomiques, attestant l’activité virale.
3) Les thérapies par immunité passive, habituellement réservées aux cas sévères ou critiques de COVID-19, semblent avoir une efficacité limitée car les anticorps administrés par intraveineuse peinent à atteindre le nasopharynx.
