L’évolution du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni

La pandémie de COVID-19 produit constamment de nouveaux variants car le SARS-CoV-2 s’adapte à l’homme en accumulant environ 24 mutations par an. La première mutation dominante a été la D416G, qui a rendu ce variant 20% plus transmissible que la souche ancestrale de Wuhan. La lignée B.1 s’est ainsi établie et propagée rapidement à travers le monde en avril-mai 2020. Depuis, de nouvelles souches ont émergé, dont les variants préoccupants Alpha/anglais, Bêta/sud-africain, Gamma/brésilien et Delta/indien.

Pour mieux comprendre leur rôle dans la trajectoire de la pandémie, des chercheurs anglais et allemands (European Bioinformatics Institute et Wellcome Sanger Institute, Hinxton ; German Cancer Research Centre, Heibelberg) ont évalué les taux de croissance et la propagation géographique des différents variants au Royaume-Uni. L’étude repose sur les données génomiques référencées par le consortium COG-UK entre septembre 2020 et juin 2021, ce qui inclut 3 vagues épidémiques et 2 confinements. Les chercheurs ont modélisé la dynamique de propagation de 71 lignées (parmi 281 178 génomes) dans 315 régions abritant entre 100 et 200 000 habitants.

Les résultats montrent qu’une grande diversité de lignées circulait jusqu’en novembre 2020, où l’incidence du COVID-19 avait atteint un second pic au Royaume-Uni et engendré un second confinement. Au début de cette vague, la lignée B.1 et sa sous-lignée B.1.1 étaient prédominantes. Mais entre septembre et octobre 2020, elles furent rapidement remplacées par B.1.177 qui avait un taux de croissance supérieur. Le second confinement (début novembre) avait permis la réduction globale du nombre de cas et ainsi favorisé la disparition de plusieurs lignées dans toutes les régions, au profit d’Alpha/B.1.1.7/anglais qui a continué de circuler.

Lors du déconfinement, l’incidence d’Alpha a explosé partout malgré certaines mesures régionales de restriction, générant une troisième vague épidémique (décembre 2020-février 2021). Il est 1,5 fois plus transmissible que B.1.1. En avril, il ne restait plus que 22 lignées différentes (le pic ayant été à 137). Ensuite, de nouvelles souches furent introduites par les voyages internationaux et, à partir de mai 2021, les variants Bêta et Gamma ont peu à peu remplacé Alpha. En revanche, Bêta et Gamma se sont propagés différemment car ils sont apparus à plusieurs endroits en même temps, avec un taux de croissance inférieur à celui d’Alpha. Introduit en mars 2021, le variant Delta ou indien est devenu dominant fin juin avec un taux de croissance de 58%. Il a une transmissibilité et une capacité d’échappement très supérieures, mais ne porte pas les mutations N501Y et E484K comme Alpha, Beta et Gamma.

L’arrivée de ces variants a globalement augmenté le taux de croissance du SARS-CoV-2 d’un facteur 2,4 sur les 10 mois de l’étude. Les mesures de restriction, efficaces avec les premières souches, ont alors montré leurs limites. Par manque de surveillance génomique, en Inde en 2020, la transmissibilité du Delta n’a pas été anticipée.

Cette étude montre aussi que lorsqu’une souche est dominante, une surveillance insuffisante masque l’émergence de nouveaux variants. Nous devrons bientôt modéliser les effets de l’immunité sur la dynamique du SARS-CoV-2, car lorsqu’il sera endémique et que l’immunité collective sera atteinte, il est fort probable que de nouveaux variants d’échappement émergeront. Il est donc indispensable de soutenir une surveillance génomique constante, efficace et globale pour s’y préparer.