Les anticorps se renforcent au cours de la convalescence

Les anticorps neutralisants produits à la suite d’une infection ou de la vaccination sont une composante essentielle de l’immunité antivirale. Au cours d’une infection par le SARS-CoV-2, la principale cible des anticorps neutralisants est le domaine RBD (pour « Receptor Binding Domain ») de la protéine Spike (S) du virus. Le domaine RBD est la région en contact avec le récepteur cellulaire ACE2 permettant l’entrée du virus dans la cellule. Différentes études ont démontré que chez un individu guéri du SARS-CoV-2, les anticorps neutralisants connaissent un certain nombre de mutations. Ces dernières peuvent même les renforcer.

Mais peu d’études ont analysé ce phénomène sur le long terme. Des chercheurs américains (The Rockefeller University, New York) ont analysé en détail des groupes d’anticorps juste après une infection par le SARS-CoV-2, et plus tardivement, durant la convalescence des patients. Ils ont ainsi observé les mutations accumulées, l’évolution des anticorps et son impact sur les populations virales.

Ces chercheurs ont tout d’abord sélectionné 1 072 anticorps anti-RBD provenant d’une cohorte d’individus guéris de la COVID-19 après 1 mois, puis 6 mois après le début de leur infection. Le premier constat des scientifiques est que les séquences des anticorps sont plus diversifiées après 6 mois qu’après 1 seul. Il y a donc une évolution des anticorps durant la convalescence.

Afin de déterminer les conséquences de cette évolution, les chercheurs ont sélectionné 6 groupes d’anticorps provenant de 5 individus. Ils ont ainsi pu montrer que la maturation des anticorps permet d’augmenter leur efficacité de neutralisation. De plus, cette maturation permet aux anticorps de modifier leurs cibles en neutralisant également certains variants du virus qui ont émergé, comme les variants portant la mutation E484K (mutation du variant Bêta sud-africain et Gamma brésilien). Pour échapper à la plupart de ces anticorps évolués, les virus doivent accumuler plusieurs mutations, ce qui limite l’échappement des variants.

Ces chercheurs ont ensuite étudié si la maturation de ces anticorps pouvait permettre de neutraliser d’autres virus proches du SARS-CoV-2, c’est-à-dire du genre sarbecovirus. Ils ont ainsi testé la neutralisation de 3 sarbecovirus, ayant 94%, 73% et 50% d’identité de séquence dans le domaine RBD avec le SARS-CoV-2. Il apparaît alors que certains anticorps, après évolution, sont capables de neutraliser ces 3 virus.

Enfin, les chercheurs ont analysé la structure des anticorps par cryo-microscopie électronique afin de comprendre les effets des mutations des anticorps lors de leur maturation. Les mutations permettent d’augmenter les contacts moléculaires entre l’anticorps et le domaine RBD du SARS-CoV, conférant à l’anticorps une meilleure efficacité de neutralisation. Finalement, l’ensemble de ces résultats démontre qu’avec une exposition prolongée ou répétée aux antigènes viraux, la diversification des anticorps les rend plus efficaces contre le virus.

Ainsi la compréhension des mécanismes d’évolution des anticorps, au fur et à mesure de la convalescence ou après la vaccination, est essentielle pour mettre au point des thérapeutiques efficaces, notamment contre les variants émergents du SARS-CoV-2.