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Vulgarisation scientifique des avancées de la recherche sur la COVID-19

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L’émergence de l’épidémie en Louisiane

Le premier cas de COVID-19 a été identifié en décembre 2019 à Wuhan en Chine. Dès février 2020, l’épidémie s’est étendue et a été détectée en Europe, au Moyen-Orient et dans de nombreuses autres régions à travers le monde. Aux États-Unis, on a repéré le premier cas rétrospectivement un peu plus tôt, dès janvier 2020. Il semblerait que les évènements rassemblant de nombreuses personnes aient largement accéléré la transmission du virus et amplifié l’épidémie. Notamment, plus d’un million de personnes ont participé à la parade du Mardi Gras à La Nouvelle-Orléans le 25 février 2020. C’est justement cet évènement qui a interpelé des chercheurs américains et qui l’ont étudié pour comprendre comment un rassemblement d’une telle ampleur a pu contribuer à la diffusion massive du SARS-CoV-2.

Ces chercheurs ont séquencé le génome des virus du SARS-CoV-2 des cas de La Nouvelle-Orléans et d’ailleurs en Louisiane, au début de l’épidémie, lors de la première vague entre mars et mai 2020. Ils ont comparé ces génomes à ceux d’autres états des États-Unis. A partir de leurs analyses, ils ont ainsi pu reconstruire le calendrier et l’origine de l’apparition du virus en Louisiane. En plus de ces données de génomique, les chercheurs ont étudié les données épidémiologiques et de mobilité des personnes afin de comprendre l’origine de l’émergence de l’épidémie dans cet état.

La première conclusion est que l’émergence du virus en Louisiane provient d’un autre état des États-Unis et non de l’International. En effet, le génome du 1er cas détecté de COVID-19 en Louisiane, le 9 mars 2020, est très proche d’autres génomes de patients infectés dans le pays. De plus, le SARS-CoV-2 en Louisiane affiche une faible diversité génétique par rapport aux autres états du pays. Les auteurs de l’étude ont comparé cette diversité à celles d’épidémies sur un navire de croisière : l’origine de la propagation du virus en Louisiane proviendrait d’une seule source de contamination. Cette origine unique dans l’état a ensuite été responsable de la majorité des évènements de transmission durant la première vague épidémique.

D’après les analyses phylodynamiques menées par les chercheurs, il semblerait cependant que le virus ait émergé et s’est propagé quelques semaines avant cet évènement. Toutefois, ce rassemblement a été responsable d’une augmentation de la transmission du virus à La Nouvelle-Orléans avec des centaines de cas d’infections par le SARS-CoV-2, directement après ce rassemblement : c’est ce que l’on appelle un évènement de super-propagation. Cette accélération de la transmission est bien due à cet évènement, contrairement aux vagues épidémiques suivantes dues à de nouveaux variants plus transmissibles. Enfin, les scientifiques ont pu montrer que ce cluster, lors du Mardi Gras à La Nouvelle-Orléans, a été à l’origine de la transmission du virus à d’autres états : la majorité des cas de COVID-19 dans le Mississipi et l’Alabama proviennent de La Nouvelle-Orléans.

L’émergence de la COVID-19 en Louisiane serait donc due à une introduction unique d’une personne infectée. Le rassemblement du Mardi Gras a ensuite accéléré la diffusion du virus à travers cet état et dans des états voisins. D’une manière générale, les évènements de grande ampleur au début de l’année 2020 ont contribué de façon significative à une transmission accrue du virus.

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