Lettre hebdomadaire :
21-27 Décembre 2020
Niveau de difficulté :
Le variant du Royaume-Uni serait-il plus dangereux ?
On vient de découvrir un nouveau variant provenant du Royaume-Uni. Cette nouvelle souche du virus possède 17 mutations, dont la plus importante est située en position 501 dans la protéine Spike (N501Y, où l’acide aminé asparagine est remplacé par un acide aminé tyrosine). Cette mutation permet a priori au SARS-CoV-2 de mieux rentrer dans les cellules, le rendant donc plus contagieux. En revanche, ce virus n’apparaît pas plus virulent.
Variant SARS-CoV-2 du Royaume-Uni
Depuis le début de l’épidémie, d’autres variants ont déjà été découverts. En effet, ce virus, comme beaucoup d’autres, commet des « erreurs » lors de la réplication de son génome. Certaines de ces erreurs lui confèrent un avantage sélectif (entrée dans la cellule ou réplication plus efficace par exemple), et les virus portant ce type de mutations peuvent rapidement devenir dominants. D’autres mutations désavantagent le virus qui disparait alors rapidement.
Un variant découvert auparavant, durant l’été 2020, a été celui portant la mutation D614G, (l’acide aminé acide aspartique est modifié en glycine en position 614), mutation située également dans la protéine Spike.
Pourquoi les mutations dans la protéine Spike sont étudiées avec grand intérêt ? Parce que la protéine Spike permet l’attachement et l’entrée du virus dans la cellule et constitue la principale cible des vaccins développés contre la COVID-19. La souche virale possédant la mutation D614G, apparue durant l’été 2020, a été l’objet d’une étude car elle devint rapidement majoritaire à travers le monde. Les recherches pour un vaccin ont commencé dès janvier 2020, dès que les premières séquences du génome du virus étaient disponibles. A présent, au moins 30 candidats vaccins ont débuté les essais cliniques et la plupart d’entre eux n’est pas fondée sur le variant possédant cette mutation. La question primordiale est donc de savoir si cette mutation (variant G614) permet au virus d’échapper à la neutralisation par les anticorps produits à partir de la protéine Spike (antigène viral) ne possédant pas la mutation (variant D614).
Pour cela, on a mené une étude avec des souris et des macaques qui ont été immunisés avec un vaccin ARN qui permet de faire produire par les cellules la protéine Spike, afin que soient développés par l’organisme des anticorps neutralisants dirigés contre cette protéine. Le sérum contenant les anticorps des souris ou des macaques a été récupéré et utilisé pour réaliser les tests de neutralisation de 2 types de pseudovirus (virus inoffensifs fabriqués en laboratoire et portant les protéines Spike) : ceux portant la protéine Spike d’origine (D614) et les mutants (G614).
Le résultat, c’est que les pseudovirus portant la mutation de l’été 2020 (G614) sont neutralisés plus efficacement que les pseudovirus d’origine portant la protéine Spike d’origine (D614). De plus, la neutralisation de ces 2 types de pseudovirus a été testée avec le sérum de patients ayant été infectés par l’un ou l’autre des variants D614 ou G614. Le variant muté G614 est également mieux neutralisé que le variant d’origine.
Pour tenter d’expliquer la meilleure neutralisation du variant G614 par les anticorps neutralisants (même ceux dirigés contre le variant D614), les chercheurs se sont intéressés à la différence de structure de la protéine Spike entre ces 2 variants grâce à des observations au microscope électronique. Ils ont ainsi montré que la mutation entraînait un changement de conformation de la protéine et augmentait l’exposition aux anticorps neutralisants.
Variant SARS-CoV-2 G614
In fine, ces résultats montrent que le variant du virus G614 est mieux neutralisé par les anticorps que le virus d’origine (D614), même par les sérums d’animaux immunisés avec le variant D614 de la protéine Spike. Cela dissipe une grande crainte puisque la majorité des vaccins actuellement en études cliniques ont été développés à partir du virus d’origine D614.
Mais qu’en est-il du nouveau variant anglais apparu en décembre 2020 ? Aujourd’hui, peu d’informations sont disponibles. Des études sont en cours et seront nécessaires notamment pour confirmer que les vaccins développés permettront de nous protéger contre ce nouveau variant.
