Lettre hebdomadaire :
15-21 Mars 2021
Niveau de difficulté :
Des délétions de Spike renforceraient le virus
La protéine de surface Spike (S) du SARS-CoV-2 joue un rôle important dans l’entrée de la particule virale dans les cellules. Elle est ainsi la cible privilégiée des anticorps neutralisants. L’enzyme qui réplique le génome du SARS-CoV-2, comme celle des autres virus, commet des erreurs, les mutations, qui évoluent sous les différentes pressions de sélection, dont celle du système immunitaire. Il faut noter que pour le SARS-CoV-2, ces mutations s’accumulent lentement comparées à celles d’autres virus car l’enzyme répliquant le génome possède une activité correctrice. On a ainsi rapporté l’apparition de délétions, c’est-à-dire des pertes des constituants des gènes. Des chercheurs de l’Université de Pittsburgh, USA, viennent de montrer que des délétions récurrentes dans la protéine S conduisent à la résistance aux anticorps neutralisants.
Pour cela, ces chercheurs ont analysé les séquences de 9 patients ayant une infection SARS-CoV-2 à long terme (patients généralement immunodéprimés, n’arrivant pas à éliminer le virus). De plus, ils ont étudié 146 795 séquences disponibles dans les bases de données (du 1er décembre 2019 au 24 octobre 2020) afin d’identifier 1 108 virus portant une délétion dans la protéine S. Ces observations leur ont permis de définir 4 sites récurrents de délétions, nommés RDR1 à 4 (pour Deletion Recurrent Region) localisés dans le domaine N-terminal de S. Par exemple, les RDR1 et RDR2 correspondent aux délétions des positions 69-70 et 144-145, présentes dans le variant anglais. Ces différents sites de délétions récurrentes apparaissent comme des régions contenant des épitopes (cibles des anticorps) et seraient donc des adaptations en réponse à la pression de sélection du système immunitaire.
Nombre et localisation des délétions de Spike :
Les scientifiques ont pu démontrer que ces délétions conféraient au virus une résistance aux anticorps neutralisants. En effet, les sites 144-145 et 242-244 correspondant aux sites RDR 2 et 4, forment un important épitope pour la neutralisation du SARS-CoV-2.
D’autres sites de délétions, formant de nouveaux variants, sont peut-être déjà en train d’émerger, même s’ils sont pour le moment minoritaires au sein de la population. Il est donc primordial de continuer de surveiller l’évolution du virus, en séquençant son génome pour détecter l’apparition de mutations et de délétions.
% des délétions RDR-1 à 4 trouvées au cours des séquençages :
