Lettre hebdomadaire :
13-19 Décembre 2021
Niveau de difficulté :
De l’émergence à la propagation du virus
A la fin de l’année 2019, la ville de Wuhan rapportait des cas de pneumonies atypiques d’origine inconnue. Les scientifiques ont alors découvert que ces pneumonies étaient dues à un nouveau coronavirus, baptisé SARS-CoV-2. La maladie fut nommée COVID-19 et s’est répandue très rapidement à travers le monde, faisant plus de 5 millions de morts parmi 238 millions de cas. Des chercheurs chinois (Académie des sciences médicales de Tai’an) ont synthétisé les connaissances actuelles sur l’émergence du virus et sa propagation.
Tout d’abord, les chercheurs ont fait le point sur l’origine de l’épidémie. La 1ère hypothèse, qui n’a pas encore été totalement écartée, est celle de la fuite de ce virus d’un laboratoire de virologie de Wuhan. Mais c’est la 2ème hypothèse qui semble la plus probable : celle du passage du virus d’un animal à l’homme (c’est-à-dire un saut de barrière d’espèces). Le SARS-CoV-2 semble en effet très similaire aux virus de chauve-souris et du pangolin. La découverte de virus animaux de plus en plus proches du SARS-CoV-2 semble valider l’hypothèse d’une zoonose. Au niveau géographique, de nombreux cas précoces de COVID-19 semblent trouver leur source au marché de Wuhan. Même si certains cas concomitants proviennent d’autres localisations, ce marché est à l’origine d’une des premières grandes chaînes de contaminations (aussi appelée cluster).
Les auteurs se sont ensuite intéressés à la diversité génétique du SARS-CoV-2. En effet, comme tous les virus à génome ARN, des erreurs de réplication de son génome sont commises de façon aléatoire lorsque le virus se multiplie. Certaines de ces mutations procurent un avantage sélectif au virus et perdurent : une entrée dans les cellules plus efficace ou une résistance aux anticorps par exemple. Plus un virus se transmet, plus il se multiplie et plus des mutations apparaissent. En moyenne, le SARS-CoV-2 compte 2 mutations par mois dans son génome. Pour parler d’un variant, il faut que le virus ait acquis un certain nombre de mutations par rapport à la souche d’origine de Wuhan.
Pour connaître les mutations d’un virus et donc surveiller l’apparition de nouveaux variants, un effort inédit de séquençage a été réalisé ces derniers mois (plus de 2,8 millions de génomes du SARS-CoV-2 séquencés au mois d’Août 2021). Plusieurs variants ont déjà émergé depuis le début de l’épidémie. Certains comme l’Alpha (anglais) ou le Delta (indien) sont devenus majoritaires pendant une certaine période.
Enfin, les scientifiques ont décrit la propagation du virus à travers le monde à partir des premiers cas localisés dans la province de Wuhan. Le virus s’est d’abord propagé dans cette région avant les mesures de confinement prises le 23 janvier 2020, puis la propagation a ralenti grâce à ce confinement et d’autres mesures comme le dépistage massif de la population et les restrictions de transport. Le SARS-CoV-2 a ensuite été détecté dans d’autres provinces de Chine. Les voyages internationaux ont disséminé le virus à travers le monde, notamment en Asie, Europe et Amérique du Nord durant les 2 semaines précédant le confinement de Wuhan. Ensuite, les restrictions de voyages mis en place par la Chine ont grandement réduit la propagation du virus en provenance de ce pays.
La France a été le 1er pays d’Europe à déclarer un cas de COVID-19. Durant la 1ère vague, l’Europe a été une source majeure de propagation du SARS-CoV-2. Puis à la fin du mois de mars, des cas ont été détectés aux États-Unis, épicentre de l’épidémie sur le continent américain. A la fin de l’année 2020, on y comptait plus de 20 millions de cas et environ 350 000 morts. Mais l’Amérique du Sud n’a pas été épargnée, notamment le Brésil. De nombreux pays d’Afrique ont aussi connu leurs premiers clusters de transmission au mois de mai, la plupart importés d’Europe et des États-Unis. Les cas de ce continent sont sans doute largement sous-estimés, du fait du manque de tests et de soins limités.
En conclusion, ce nouveau coronavirus provient vraisemblablement d’un réservoir animal. Il s’est adapté à l’homme, puis s’est propagé rapidement avec les voyages internationaux dans un monde hyper-connecté. Cela souligne la nécessité de coordonner, au niveau mondial, une surveillance génomique efficace de l’émergence de nouveaux pathogènes.
