Lettre hebdomadaire :
31 Mai - 6 Juin 2021
Niveau de difficulté :
Un autre coronavirus pourrait atteindre l’homme
Le SARS-CoV-2, nouveau coronavirus identifié et isolé au début de l’année 2020, s’est répandu à travers le monde. Au 5 mars 2021, l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé) avait enregistré plus de 114 millions de personnes infectées et 2,5 millions de décès. Le SARS-CoV-2 semble proche de coronavirus des chauve-souris, suspectées d’être un réservoir du virus. D’autres coronavirus avaient déjà émergé de ce réservoir et engendré des épidémies chez l’homme, comme le MERS-CoV.
Cependant, plusieurs coronavirus infectant les chauve-souris sont encore très proches du SARS-CoV-2. Parmi eux, le plus ressemblant se nomme RaTG13 : il compte 96% de son génome identique à celui du virus responsable de la COVID-19. Au vu de leur similarité et des dégâts causés par le SARS-CoV-2, des chercheurs chinois (Chinese Academy of Science, Pékin) ont étudié la possibilité que le virus RaTG13 puisse infecter l’homme.
Pour évaluer le possible passage et la transmission de ce virus à un nouvel hôte, il est nécessaire de savoir si le virus peut pénétrer en lui. Il convient alors d’étudier l’interaction entre les protéines de surface du virus et les récepteurs cellulaires de différentes espèces animales. En effet, la liaison du virus au récepteur cellulaire est l’étape indispensable pour infecter une cellule, et alors franchir la barrière d’espèce. Pour le SARS-CoV-2, la protéine virale de surface Spike (S), et plus particulièrement le domaine RBD, se lie au récepteur cellulaire humain ACE2 pour entrer dans la cellule.
Pour étudier l’interaction entre le domaine RBD du virus RaTG13 et le récepteur ACE2 humain, ces chercheurs ont analysé leur structure. Ils ont ainsi observé que la structure du domaine RBD du virus RaTG13, dans sa liaison au récepteur ACE2 humain, est extrêmement similaire à celle du domaine RBD du SARS-CoV-2, même si l’interaction paraît 70 fois plus faible. De plus, ils ont étudié la liaison des domaines RBD du virus RaTG13 ou du SARS-CoV-2 avec le récepteur ACE2 de 24 espèces animales sauvages ou domestiques (notamment les singes, lapins, souris, rats, chevaux, chiens et chats). Le virus RaTG13 interagit avec un certain nombre de récepteurs ACE2 de ces différentes espèces, même si le SARS-CoV2 interagit avec un nombre encore plus important. Les chercheurs ont noté que le virus RaTG13 avait le plus d’affinité pour le récepteur ACE2 du cheval.
Ces scientifiques ont également évalué l’effet de 6 mutations dans le domaine RBD de RaTG13 dans sa liaison avec le récepteur ACE2 humain. Les 6 mutations permettent d’augmenter l’entrée du virus dans les cellules portant le récepteur ACE2. Ils ont également souligné le rôle-clef de la position 501 de la protéine S pour la liaison avec le récepteur ACE2. Cette position 501, mutée chez les variants anglais, sud-africain et brésilien (N501Y) qui sont maintenant répandus dans de nombreux pays, avait déjà été associée à une augmentation de la transmissibilité du SARS-CoV-2. Ainsi, seulement quelques mutations ponctuelles dans le domaine RBD permettraient au virus RaTG13 de s’adapter à un nouvel hôte. Enfin, ces chercheurs ont voulu savoir si une infection par le SARS-CoV-2 peut protéger contre le virus RaTG13. Ils ont alors analysé le sérum (qui contient les anticorps) de patients ayant été infectés par le SARS-CoV-2. Ce sérum a permis de neutraliser le RaTG13, prouvant une immunité croisée entre ces deux virus.
Le virus RaTG13 pourrait donc infecter de nombreux hôtes distincts : l’apparition de mutations pourrait lui permettre de s’adapter et de se répandre chez de nombreuses espèces animales. Ce virus, comme d’autres proches, pourrait ainsi franchir la barrière d’espèces et se transmettre à l’homme. Il est donc primordial de surveiller les coronavirus véhiculés par les nombreux réservoirs animaux.
