Séquençage de nouvelles souches : le rattrapage des États-Unis

L’émergence de nombreux variants préoccupants du SARS-CoV-2, ces derniers mois, a mis en lumière les lacunes des États-Unis en termes de surveillance de ces variants : plus de 30 pays séquencent plus de souches de SARS-CoV-2 que les États-Unis. Or, plus un nombre important de souches est séquencé, plus cela permet de suivre, de comprendre et d’anticiper l’émergence des variants. Afin de renforcer leur surveillance, le gouvernement de Joe Biden a augmenté les investissements pour financer le séquençage, les analyses et améliorer les institutions permettant de fournir une réponse plus cohérente et efficace. Mais comment atteindre cet objectif ?

• Tout d’abord, il existe déjà un réseau de 130 laboratoires dans le pays qui supportent la surveillance génomique actuelle. Ces laboratoires réalisent du séquençage haut-débit, notamment pour la surveillance de la grippe saisonnière. Toutefois, ces laboratoires ont vu ces derniers temps leur budget et leur personnel largement amputés. Des financements supplémentaires sont donc nécessaires pour investir dans de nouvelles technologies et infrastructures, mais aussi pour accompagner à la formation de professionnels sur ces technologies innovantes.
• Ensuite, des financements sont indispensables pour l’analyse de ces données amassées et notamment pour construire et entretenir une base de données des séquences virales et des données cliniques associées, qui soit à la fois nationale et accessible. En effet, actuellement les données soumises par les laboratoires séquenceurs le sont généralement sur des bases de données restreintes, voire non partagées.
• Enfin, les différents systèmes de surveillance des maladies infectieuses aux États-Unis sont relativement indépendants et séparés. Il serait intéressant de mettre en place une nouvelle structure plus flexible de surveillance des pathogènes et d’améliorer les interactions entre les agences de santé publique et l’académie de médecine.

L’émergence de variants préoccupants révèle les lacunes du système de surveillance génomique aux États-Unis, comme dans d’autres pays. Les nouveaux investissements prévus sont l’occasion de redessiner un système plus cohérent et efficace, même si ce challenge ne sera pas facile à relever pour les autorités américaines.