Lettre hebdomadaire :
17-30 Janvier 2022
Niveau de difficulté :
Omicron résiste aux anticorps
Le SARS-CoV-2 est un virus à génome ARN. Cependant l’enzyme qui réplique le génome du virus pour créer de nouvelles particules virales, la polymérase, commet beaucoup d’erreurs. Ces mutations, peuvent perdurer si elles représentent un avantage pour le virus. Lorsqu’un certain nombre d’entre elles s’accumulent, ce virus devient un variant. Il s’agit d’un virus très proche de la souche d’origine mais il possède des mutations ponctuelles dans son génome, des délétions (perte de nucléotides) ou des insertions (ajout de nucléotides). Les protéines fabriquées grâce au génome (qui contient les plans de construction) sont donc légèrement différentes de celles de la souche d’origine et ont des propriétés différentes. Les virus peuvent ainsi être plus transmissibles ou plus résistants à la neutralisation par les anticorps issus d’une infection passée par un autre variant ou de la vaccination.
Pour le SARS-CoV-2, différents variants ont émergé depuis le début de la pandémie. Certains sont devenus dominants à travers le monde, comme le variant Alpha (anglais) ou le variant Delta (indien). D’autres ont provoqué des épidémies plus localisées dans certains pays, comme les variants Bêta (sud-africain) ou Gamma (brésilien). Fin novembre 2021, le variant Omicron a émergé et est devenu majoritaire dans le monde en seulement quelques semaines. Du fait de son nombre important de mutations, le risque que ce variant échappe aux anticorps est élevé. Dans cette étude, des chercheurs britanniques (Oxford University) ont analysé la résistance du variant Omicron à la neutralisation par les anticorps.
Ces chercheurs ont réalisé des tests in vitro de neutralisation par le sérum (qui contient les anticorps) de personnes ayant été anciennement infectées ou vaccinées. Les personnes vaccinées ont reçu 3 doses du vaccin AstraZeneca ou Pfizer-BioNTech, développés à partir de la protéine Spike de la souche d’origine de Wuhan. La question était de savoir si ces anticorps dirigés contre la souche d’origine sont tout de même efficaces contre le variant Omicron.
Les scientifiques ont tout d’abord réalisé les tests de neutralisation avec le sérum des patients ayant été infectés par la souche d’origine sur les différents variants dont Omicron. Globalement, la neutralisation des variants est réduite de façon significative, surtout pour le variant Omicron. Cela signifie que ces patients ayant été infectés par la souche d’origine sont moins bien protégés face aux variants ayant émergé.
Les chercheurs ont ensuite réalisé les tests de neutralisation avec le sérum de patients ayant été infectés par le variant Delta, ou infectés et vaccinés (avant ou après leur infection). Ils ont ainsi pu observer qu’avoir été infecté et vacciné permet d’augmenter la neutralisation du variant Omicron. Les scientifiques ont également comparé l’efficacité de 2 ou 3 doses de vaccins contre le variant Omicron. Il apparaît que la neutralisation de ce variant est renforcée après une 3ème dose. Les chercheurs ont également testé la neutralisation du variant Omicron par les principaux anticorps thérapeutiques mis sur le marché (anticorps de synthèse développés par génie biologique pour traiter l’infection par le SARS-CoV-2). Les mutations présentes chez Omicron réduisent significativement l’effet de ces anticorps thérapeutiques.
Les scientifiques se sont également intéressés aux avantages que pouvaient apporter les 3 mutations connues du domaine RBD (présentes chez les variants Alpha, Bêta, Gamma ou Delta) mais retrouvées pour la 1ère fois ensemble chez le variant Omicron (N501Y, E484K et S477N). Le domaine RBD est la région de la protéine S qui interagit avec le récepteur cellulaire ACE2 pour l’entrée du virus dans la cellule. Ce trio de mutations semble apporter un avantage au virus, pouvant expliquer en partie sa haute transmissibilité, même si son affinité pour le récepteur cellulaire ACE2 n’est pas augmentée.
Pour finir, les chercheurs ont étudié la structure de la protéine S grâce à la cryo-microscopie électronique. Ils ont ainsi remarqué que les nombreuses mutations du variant Omicron, mais aussi ses délétions et insertions, entraînent une légère modification de la structure de la protéine.
En conclusion, ce qui surprend en observant le variant Omicron, c’est son nombre impressionnant de mutations, notamment dans la protéine S, bien plus important que pour les variants ayant émergé jusqu’ici. La manière dont Omicron est apparu fait encore débat. Cette étude semble en faveur d’une évolution conduite par un échappement aux anticorps, peut-être chez une personne immunodéprimée, mais sans évolution vers une plus grande affinité au récepteur d’entrée dans les cellules. L’augmentation de l’immunité dans une population, que ce soit par une infection naturelle ou par la vaccination, augmente la pression de sélection des mutations et risque de favoriser l’apparition de variants. Chez Omicron, cela a conduit à une résistance significative aux anticorps thérapeutiques, à ceux provenant de patients ayant été infectés par la souche d’origine et à la vaccination. Toutefois, une 3ème dose de vaccin permet d’augmenter considérablement la protection, notamment contre les formes graves.
