Although more contagious, Omicron is less virulent – a South African study –

Le variant Omicron est le 5^ème variant préoccupant (Variant Of Concern, VOC) qui a émergé depuis le début de la pandémie de COVID-19. Il a d’abord été détecté dans la province de Gauteng en Afrique du Sud, dans des échantillons datant du 14 novembre 2021. Depuis, les cas de COVID-19 ont rapidement augmenté dans cette région, Omicron ayant quasiment remplacé le VOC Delta en 4 semaines. Au début de cette 4^ème vague épidémique dans ce pays, les laboratoires effectuant les tests PCR ont observé un nombre croissant d’échecs pour amplifier le gène de Spike (S Gene Target Failure, SGTF ; avec le test TaqPath COVID-19 PCR de Thermo Fischer), alors que les autres gènes viraux sont bien amplifiés. Par la suite, ces observations se sont confirmées dans d’autres provinces. Omicron porte un nombre élevé de mutations, dont certaines partagées par d’autres VOC. En particulier, une délétion de deux acides aminés dans Spike (His69_Val70del), partagée par le VOC Alpha, est connue pour générer du SGTF. Au vu de la récente émergence d’Omicron, très peu de données sont disponibles concernant sa transmissibilité, sa capacité d’échappement et sa virulence.

Des chercheurs sud-africains (National Institute for Communicable Diseases of the National Health Laboratory Service, Johannesburg) ont utilisé le biais technique du SGTF pour estimer la sévérité clinique des infections par Omicron. Pour cela, ils ont croisé des données nationales de surveillance génomique (réseau DATCOV) avec les données épidémiologiques et cliniques des mêmes patients COVID-19 hospitalisés. L’étude affirme que pendant la période du 1^er octobre au 30 novembre 2021, un cas de SGTF correspondait à une infection par Omicron.

Les résultats montrent que pendant cette période, les cas SGTF sont passés de 3,2% à 97,9% des cas COVID-19 (31 133 personnes testées avec TaqPath). Les cas SGTF ont statistiquement 80% moins de risques d’hospitalisation que les cas non-SGTF. Mais au vu du faible nombre de patients inclus dans l’étude et donc de patients hospitalisés (377 en tout), les chercheurs n’ont pas pu apprécier le risque de sévérité de manière fiable. Pour combler cela, ils ont comparé leurs données aux infections par le VOC Delta lors de la 3^ème vague épidémique (avril-novembre 2021) : les cas SGTF ont alors 70% moins de risques de développer des cas sévères qu’avec Delta. Les patients SGTF ont une charge virale plus élevée qu’avec Delta et ont tendance à être plus jeunes (moins de 24 ans) que les patients non-SGTF ou les patients Delta. Il y a aussi moins de cas SGTF chez les plus de 60 ans.

Bien qu’elle soit préliminaire et qu’elle comporte certaines limites, cette étude suggère donc que la vague Omicron s’accompagne d’un risque réduit d’hospitalisation et de développer des cas sévères en comparaison des infections par Delta. On estime qu’au début de la vague Omicron, 60 à 70% de la population sud-africaine avait déjà été infectée, indiquant qu’Omicron provoque un grand nombre de réinfections. De plus, les personnes de plus de 60 ans ont été les plus vaccinées et les moins de 24 ans les moins vaccinées, expliquant en partie pourquoi les jeunes sont plus touchés par Omicron. La baisse de sévérité associée à ce variant pourrait donc être due à une immunité préexistante mais aussi à une virulence intrinsèque réduite. Cependant l’on ignore la contribution relative de chacun de ces facteurs. Des recherches supplémentaires doivent être menées pour établir la virulence intrinsèque d’Omicron.